Od početka Austro-Ugarske vladavine 1878. godine datira i osnivanje Okružnog suda Mostar koji je bio nadležan za rad kotarskih sudova, među kojim je bio i Kotarski sud Mostar čiju tradiciju mi baštinimo. U vrijeme Austro-Ugarske vladavine izgrađena je i sadašnja zgrada za potrebe Kotarskog suda Mostar.
       Od 1918. godine u vrijeme Kraljevine SHS i bivše FNRJ i SFRJ, općinski sudovi su imali nazive: sreski sud, opštinski, a potom osnovni sudovi do 2000. godine.
Za vrijeme ratnih dejstava u maju 1992. godine sadašnja zgrada Suda je bila jako oštećena, te je 1997. godine uz pomoć Vlade Švicarske u potpunosti renovirana.

       Općinski sud u Mostaru je osnovan Zakonom o sudovima Hercegovačko-neretvanskog kantona/županije („Narodne novine HNK“ broj 6/2000 i 1/2003) i to spajanjem Općinskog suda I Mostar, Općinskog suda II Mostar, Suda za Središnju zonu Grada Mostara i Općinskog suda Čitluk i počeo je sa radom 2.2.2004.godine.

       Nakon stupanja na snagu Zakona o sudovima Federacije BiH 2005. godine od Kantonalnog / Županijskog suda je preuzet registar pravnih osoba, te su od 1.12.2006. godine pripojeni i bivši općinski sudovi za prekršaje Mostar i Čitluk.

       Spajanje sudova, promjena nadležnosti, reforma pravosuđa u punom zamahu, predstavljali su velike zadatke i izazove za sudije i sve zaposlene u sudu posebno iz razloga što je Općinski sud u Mostaru bio pilot-sud za implemetaciju projekta elektonskog upravljanja predmetima, projekta razvoja sektora pravosuđa kao i projekta reforme zemljišnoknjižnih kancelarija.