Reorganizacijom sudskog sistema u Bosni i Hercegovini, 15.12.2003. godine osnovan je Općinski sud u Sarajevu kao rezultat spajanja sarajevskih Općinskih sudova I i II te devet općinskih sudova za prekršaje. Spajanjem ova dva suda stvoren je najveći sud u Bosni i Hercegovini sa preko 100 sudija, uključujući i predsjednika suda, 28 stručnih saradnika te 380 državnih službenika i namještenika. Spajanje Općinskih sudova I i II predstavljalo je dodatni izazov jer su prethodni sudovi imali odvojeno osoblje, različite upravne procedure te različite mjesne nadležnosti. Ovi sudovi su bili prostorno odvojeni jedan od drugog u okviru iste zgrade. Novoformirani Općinski sud u Sarajevu je naslijedio sav taj obim posla od Općinskih sudova I i II te se pokušao izboriti sa nagomilanim neriješenim predmetima i održati korak sa velikim prilivom novih predmeta. Neriješeni predmeti, uključujući nekoliko stotina hiljada nezavedenih tužbenih zahtjeva zbog neplaćenih komunalnih računa, nisu se mogli ni pobrojati. U vrijeme spajanja sudva stvoreno je novo privredno odjeljenje, a novi Zakon o sudovima u FBiH predvidio je da općinski sudovi preuzmu nadležnost nad tim predmetima od kantonalnih sudova. Također, ovaj sud je preuzeo zemljišne knjige od općina Hadžići i Trnovo prema novom Zakonu o zemljišnim knjigama. Novim Zakonom je preuzet i Registar pravnih lica. Ostali problemi koje su identificirali osoblje i sudije uključuju i poštivanje rokova za rješavanje predmeta, nemogućnosti da se zavedu svi tužbeni zahtjevi koji pristižu, loše komunikacije, kompliciran proces protoka dokumenata itd. Radi ostvarivanja funkcije suđenja i odlučivanja o predmetima iz iste pravne oblasti, u Sudu su osnovana sljedeća sudska odjeljenja i to:

- Krivično odjeljenje

- Parnično odjeljenje

- Vanparnično odjeljenje

- Porodično odjeljenje

- Odjeljenje za radne sporove (Rs) 

- Odjeljenje za sporove male vrijednosti (Mal/Mals)

- Privredno odjeljenje

- Odjeljenje za upis u registar pravnih lica

- Izvršno odjeljenje

- Izvršno odjeljenje za rješavanje po vjerodostojnoj ispravi

- Prekršajno odjeljenje

Reorganizacijom sudskog sistema u Bosni i Hercegovini osniva se Općinski sud u Sarajevu 15. decembra 2003. godine kao rezultat spajanja sarajevskih Općinskih sudova I i II. Ovakvim spajanjem ova dva suda stvoren je najveći sud u Bosni i Hercegovini. Sistematizacijom je predviđen 101 redovni sudija (uključujući predsjednika Suda), 36 dodatnih sudija, 30 sudskih stručnih saradnika, pet državnih službenika koji rukovode osnovnim organizacionim jedinicama (uključujući sekretara Suda), 55 državnih službenika i 410  namještenika. Međutim, sud nije kadrovski potpuno popunjen.

Sud se sastoji od 12 sudskih odjeljenja i odgovarajućih pisarnica. Svaka pisarnica pruža administrativnu podršku odgovarajućem sudskom odjeljenju u kojem su smještene sudije, stručni saradnici i pripravnici.