Реорганизацијом судског система у Босни и Херцеговини, 15.12.2003. године основан је Опћински суд у Сарајеву као резултат спајања сарајевских Опћинских судова И и ИИ те девет опћинских судова за прекршаје. Спајањем ова два суда створен је највећи суд у Босни и Херцеговини са преко 100 судија, укључујући и предсједника суда, 28 стручних сарадника те 380 државних службеника и намјештеника. Спајање Опћинских судова И и ИИ представљало је додатни изазов јер су претходни судови имали одвојено особље, различите управне процедуре те различите мјесне надлежности. Ови судови су били просторно одвојени један од другог у оквиру исте зграде. Новоформирани Опћински суд у Сарајеву је наслиједио сав тај обим посла од Опћинских судова И и ИИ те се покушао изборити са нагомиланим неријешеним предметима и одржати корак са великим приливом нових предмета. Неријешени предмети, укључујући неколико стотина хиљада незаведених тужбених захтјева због неплаћених комуналних рачуна, нису се могли ни побројати. У вријеме спајања судва створено је ново привредно одјељење, а нови Закон о судовима у ФБиХ предвидио је да опћински судови преузму надлежност над тим предметима од кантоналних судова. Такођер, овај суд је преузео земљишне књиге од опћина Хаџићи и Трново према новом Закону о земљишним књигама. Новим Законом је преузет и Регистар правних лица. Остали проблеми које су идентифицирали особље и судије укључују и поштивање рокова за рјешавање предмета, немогућности да се заведу сви тужбени захтјеви који пристижу, лоше комуникације, комплициран процес протока докумената итд. Ради остваривања функције суђења и одлучивања о предметима из исте правне области, у Суду су основана сљедећа судска одјељења и то:

- Кривично одјељење

- Парнично одјељење

- Ванпарнично одјељење

- Породично одјељење

- Одјељење за радне спорове (Рс) 

- Одјељење за спорове мале вриједности (Мал/Малс)

- Привредно одјељење

- Одјељење за упис у регистар правних лица

- Извршно одјељење

- Извршно одјељење за рјешавање по вјеродостојној исправи

- Прекршајно одјељење

Реорганизацијом судског система у Босни и Херцеговини оснива се Опћински суд у Сарајеву 15. децембра 2003. године као резултат спајања сарајевских Опћинских судова И и ИИ. Оваквим спајањем ова два суда створен је највећи суд у Босни и Херцеговини. Систематизацијом је предвиђен 101 редовни судија (укључујући предсједника Суда), 36 додатних судија, 30 судских стручних сарадника, пет државних службеника који руководе основним организационим јединицама (укључујући секретара Суда), 55 државних службеника и 410  намјештеника. Међутим, суд није кадровски потпуно попуњен.

Суд се састоји од 12 судских одјељења и одговарајућих писарница. Свака писарница пружа административну подршку одговарајућем судском одјељењу у којем су смјештене судије, стручни сарадници и приправници.